Niektórzy wieścili mu, że będzie karykaturą księdza. Niespełna jedenaście lat jego kapłaństwa to m.in. stworzenie domowego hospicjum, potem budowa od podstaw hospicjum stacjonarnego; współtworzenie Areopagów etycznych – letnich warsztatów dla studentów medycyny; praca katechety w szkole, gdzie ani uczniowie nie oszczędzali jego, ani on ich.
1 czerwca 2012 r. zdiagnozowano u niego nowotwór mózgu. Po dwóch operacjach, poddawany kolejnym chemioterapiom, nadal pracował na rzecz hospicjum i służył jego pacjentom. Wspierał też swoich dawnych uczniów i wychowanków – niejednemu z nich pomógł wyprostować życie. Mówił, że jest „otwarty na cud”, ale jednocześnie przygotowuje się na to, żeby „dobrze przeżyć swoją śmierć”. Ksiądz Jan Kaczkowski zmarł 28 marca 2016 r. Książka Szału nie ma, jest rak, pierwszy przeprowadzony z nim wywiad rzeka, świetnie oddaje jego niepowtarzalną osobowość.