Współrzędne wewnętrzne i kartezjańskie w tworzeniu i edycji grafiki molekularnej / Wojciech Szczepankiewicz

Książka przeznaczona głównie dla studentów wydziałów szkół wyższych o profilu chemicznym, biotechnologicznym lub pokrewnym, którzy pragną pogłębić swoją wiedzę i umiejętności praktyczne z zakresu zastosowania grafiki molekularnej do obliczeń kwantowo-chemicznych oraz w procedurach dopasowania molekularnego biocząsteczek.

Wprowadzenie
1. Czym są współrzędne wewnętrzne
2. Formaty zapisu współrzędnych wewnętrznych
3. Wybór programów do wizualizacji grafiki
4. Budowa zbioru współrzędnych wewnętrznych dla programu MOPAC
4.1 Obrazy pojedynczych atomów
4.2 Obrazy cząsteczek dwuatomowych
4.3 Obrazy cząsteczek trójatomowych
5. Obrazy cząsteczek czteroatomowych i większych
5.1 Konstrukcja kątów torsyjnych (dwuściennych)
5.2 Cząsteczka nadtlenku wodoru
5.3 Objaśnienie elementów macierzy Z
5.4 Dwie cząsteczki – trifluorek boru i chlorek fosforu(V)
5.5 Fragment komórki elementarnej kryształu chlorku sodu
5.6 Cząsteczka metanu
5.7 Konformacje pochodnych etanu
5.8 Atom pozorny
5.9 Cząsteczka ferrocenu
5.10 Przykład zaawansowany – molekularny odpowiednik koła Hobermana
6. Format zapisu współrzędnych wewnętrznych programu GAUSSIAN
7. Współrzędne kartezjańskie w formacie programu MOPAC
7.1 Zbiory XYZ cząsteczki wodoru i fragmentu kryształu chlorku sodu
7.2 Zbiór XYZ dla komórki elementarnej kryształu żelaza
7.3 Zbiór XYZ dla komórki elementarnej kryształu złota
ZAŁĄCZNIKI