Arka Przymierza zaginęła już dawno bo już w trakcie najazdu armii Babilonu pod wodzą Nabuchodonozora II na Palestynę w 586 roku, przed naszą erą i zburzenia Pierwszej Świątyni. W niektórych Kościołach wschodnich istnieje doktryna, według której arka została potajemnie wywieziona z Pierwszej Świątyni i znajduje się gdzieś na terytorium obecnego Sudanu, gdzie zostanie odnaleziona przez Jezusa Chrystusa w dniu zstąpienia Królestwa Bożego na Ziemię.