W ogarniętej walkami powstańczej Warszawie budzi się pradawne zło. Zajęci walką przeciwnicy początkowo nie zwracają uwagi na nowego wroga, który przemierza warszawskie kanały i morduje ludzi, nie zważając na narodowość, rasę czy przekonania polityczne.
Klęska Polaków na Woli zmusza dowództwo Powstania do ewakuacji mieszkańców Starego Miasta. Jedna z dróg ewakuacyjnych ma prowadzić kanałami na Nowy Świat. Zanim to nastąpi, specjalna grupa stworzona przez pułkownika „Montera” musi zlikwidować terror szalejący pod powierzchnią płonącego miasta. Jednocześnie liczba niemieckich ofiar mitycznego gada wzrasta do niepokojących rozmiarów. Z Berlina przybywa na pomoc specjalna jednostka naukowców z Instytutu SS „Dziedzictwo”.
Czy obie grupy połączą swoje siły w obliczu wspólnego wroga rodzaju ludzkiego? Czy też może wzajemna nienawiść unicestwi je, zanim dowiedzą się czym naprawdę jest Warszawski Bazyliszek?