Mind Zero to pełna akcji gra RPG typu dungeon-crawler. Graj jako Kei, uczeń szkoły średniej, którego życie wywraca się do góry nogami, gdy zawiera kontrakt z "MIND", bronią/istotą o śmiertelnych mocach. Z rządem i innymi siłami śledzącymi jego i jego przyjaciół, Kei będzie musiał odkryć tajemnicę stojącą za "MIND". Czy te nowo odkryte moce pomogą mu, czy też ostatecznie będą jego zgubą?