Dr Eggman (AKA Dr Robotnik) odkrywa niezwykłe ptaki znane jako Flickies, które mogą przenosić się w dowolne miejsce za pomocą Pierścieni Wymiarów.
Po udanym schwytaniu Flickies, Robotnik zamienia je wszystkie w roboty, które pomagają mu znaleźć Szmaragdy Chaosu. Sonic musi uratować Flickies, uwalniając je z ich robotycznego więzienia i uniemożliwiając Robotnikowi odnalezienie Szmaragdów Chaosu.